不久之前，在基孔肯雅热传播的早期阶段，华大智造最新款DNBSEQ基因测序仪T1+助力研究人员通过宏基因组测序策略成功破译此轮病例样本基孔肯雅病毒全貌，其测序覆盖度均高于99.9%。目前，包括T1+在内，近400台由华大智造生产提供的全读长测序仪在助力筑牢我国的公共卫生防线。这些测序仪在各地疾控、海关随时待命，可在公共卫生事件突发时即刻响应。
在此基础上，华大智造近日推出ATOPlex Fast基孔肯雅病毒全基因靶向测序组合产品，可为基孔肯雅病毒的监测与防控同时提供短读长和长读长的测序方案，助力快速、经济、大规模地实现基孔肯雅病毒测序溯源。尤为关键的是，采用CycloneSEQ纳米孔基因测序仪G100-ER的方案，单样本测序仅需1小时，从样本到报告全流程最快仅需5小时。
基孔肯雅病毒（Chikungunya Virus，CHIKV）属于披膜病毒科甲病毒属，病毒颗粒呈球形，有包膜，直径60~70nm，只有1个血清型。病毒基因组为单股正链RNA，全长约11.8kb，内含单一可读框依次编码4种非结构蛋白和5种结构蛋白。根据病毒基因组遗传进化分析，可分为3个基因型，分别为西非型、东中南非型和亚洲型，其中东中南非型病毒突变形成的印度洋分枝（IOL）的病毒株，更易于经白纹伊蚊叮咬传播。
基孔肯雅病毒（Chikungunya Virus，CHIKV）结构[1]
根据国家疾病预防控制局于2025年7月25日发布的《基孔肯雅热防控技术指南（2025 年版）》，在监测环节明确推荐采用基因组序列测定与分析技术，明确要求采集输入病例和本地病例急性期的血清样本，以及伊蚊样本，通过对阳性样本中基孔肯雅病毒的E2、E1蛋白编码基因序列或全基因组序列进行测定与分析，解析病毒基因特征，以此强化对基孔肯雅病毒的精准监测与防控。
图片来源：《基孔肯雅热防控技术指南（2025 年版）》
华大智造ATOPlex Fast基孔肯雅病毒全基因组靶向测序组合产品，提供从样本处理到分析报告端到端的解决方案，可基于华大智造全读长（SEQ ALL）系列测序平台对基孔肯雅病毒阳性样本进行快速、准确、全面的测序，从而为基孔肯雅病毒的鉴定、变异检测、溯源等提供重要参考。
ATOPlex Fast基孔肯雅病毒全基因组靶向测序组合产品
产品亮点
建库操作便捷且时间短：基孔肯雅病毒引物池搭配ATOPlex Fast系列建库试剂，无需额外末修加A尾，5分钟即可完成快速接头连接，从RNA到文库仅需4步，最快3小时完成建库，适配华大智造自动化设备。
超高的检测灵敏度：无需样本培养，可对从血清、环境样本中提取的RNA进行直接检测。针对Ct值≤32的样本，可获得接近全长覆盖测序数据；对于部分样本，Ct值 36仍可获得高覆盖度数据。
长/短读长测序方案全覆盖：扩增产物兼容华大智造DNBSEQ及CycloneSEQ等多款全读长（SEQ ALL）系列测序平台。短读长（DNBSEQ）测序方案具有超高性价比，而长读长（CycloneSEQ）测序方案支持样本随收随测，可快速产出结果，满足不同应用场景的需求。
ATOPlex Fast基孔肯雅病毒全基因组建库试剂盒由华大智造基于ATOPIex多重 PCR 建库平台自主研发，仅需一管即可高效扩增基孔肯雅病毒全基因组，无需培养样本,兼具操作简单和低样本需求等优势。
值得一提的是，华大智造智能移液工作站AlphaTool作为适配ATOPlex系列试剂的得力助手，通过其AI自动化脚本撰写等功能，可让ATOPlex试剂更好、更快地响应用户的个性化需求，为基孔肯雅病毒的破译工作提供更智能的技术支持。AlphaTool能够依据ATOPlex试剂的特性与基孔肯雅病毒基因组的特点，调用内置软件αLab Studio的AI助手，智能撰写契合实验流程的脚本，让实验操作更规范、高效；同时，AlphaTool还能够在实验执行过程中与ATOPlex试剂及相关设备协同工作，实时把控实验进度与质量，进一步提升ATOPlex Fast基孔肯雅病毒全基因组靶向测序组合产品的精度与效率。
依托华大智造全读长（SEQ ALL）系列测序平台，用户可根据不同需求选择该组合产品的短读长（DNBSEQ）或长读长（CycloneSEQ）测序方案。其中，基于DNBSEQ系列闪速基因测序仪G10-FR的方案可在3小时内完成SE100测序；采用CycloneSEQ系列纳米孔基因测序仪G100-ER的方案，则具有超长读长、小巧灵活和实时读取等卓越性能，单样本测序仅需1小时，从样本到报告全流程最快仅需5小时，可对海关入境时在流行态下的高密度样本实现监测,满足多样化应用场景测序需求。
配套软件ATOPlex多重PCR靶向微生物基因组研究工具(ATOPIex MMRS)可实现对测序得到的结果进行分析，完成目标微生物的识别和鉴定,短读长和长读长均可支持。该软件内置了基孔肯雅病毒、登革病毒、新冠病毒、猴痘病毒以及呼吸道合胞病毒等多种病原微生物的参考基因组信息和引物序列,同时还支持自定义输入物种,其功能模块包括数据质控、序列比对、变异检测和近源基因组分析。
作为全球首个、国内唯一同时拥有大规模商业量产级短读长（DNBSEQ）与长读长（CycloneSEQ）测序产品的企业，华大智造可为病原微生物的监测与防控同时提供短读长和长读长的测序方案，充分满足不同场景的需求。未来，秉承“创新智造引领生命科技”的理念，华大智造将持续致力于满足病原微生物全基因组测序、靶向测序和宏基因组测序全流程等应用场景的需求，以自主研发的生命科技核心工具激发创新突破，为市民健康持续筑牢公共卫生的“防火墙”。
参考文献
[1]Niranjan, Arpana Gupta, Pallavi.(2019). Recent Trends in Chikungunya Virus diagnosis. 5.